Ayia Napa heeft een lang, maar tot voor kort meestal onopvallend verleden. Het Venetiaanse klooster, dat nog steeds bestaat in de buurt van de pubs en clubs op het plein in het centrum, was het enige bouwwerk van vóór 1800. Weinig inwoners van de kleine gemeenschap, voornamelijk boeren en vissers, woonden er van 1800 tot 1974. Na de Turkse invasie in 1974 breidden vluchtelingen uit de regio Famagusta de bevolking van de stad uit en begonnen het te veranderen in de bekende toeristische bestemming die het nu is.
Met meer dan tien nachtclubs en meer dan 50 bars had Ayia Napa tegen het midden van de jaren tachtig een reputatie opgebouwd als populaire vakantiebestemming voor het jongere publiek. Ayia Napa verstevigde haar naam in de jaren negentig toen overal nieuwe bars en clubs opdoken, die zich vanuit het centrum van de stad snel verspreidden langs de prachtige, onaangetaste stranden over meerdere kilometers.
2000 en 2001 waren de drukste jaren van Ayia Napa, met meer dan 20 nachtclubs in een gebied van 1 vierkante kilometer. In die tijd was Engeland garage het dominante muziekgenre in de stad, die met Ibiza concurreerde als de bekendste uitgaansbestemming in het Middellandse Zeegebied.
Ayia Napa is in de loop der jaren enigszins geëvolueerd, en hoewel het nog steeds erg populair is bij fans van urban muziek, vooral in de maanden juli en augustus, is het ook geschikt voor een breed scala aan muzikale smaken, van rock en live indiemuziek tot house, dubstep en R&B melodieën. Talrijke pubs bieden nu gezinsvriendelijk amusement, dat tegemoetkomt aan de behoeften van gezinnen. Er is ook een nieuwe loungebar ontstaan voor de meer verfijnde en volwassen avond uit, maar de rauwe themacafés rond het centrale plein zijn er nog steeds en even druk als altijd.
Gelukkig heeft Ayia Napa zijn dorpse sfeer behouden, en ondanks dat het in de zomer wordt overspoeld door duizenden toeristen, blijft het één van de veiligste bestemmingen aan de Middellandse Zee. Veel toeristen van over de hele wereld zijn verliefd geworden op Ayia Napa en komen jaar na jaar terug. Dit komt door de extreem lage criminaliteit in de stad, vooral tegen toeristen, en door de uiterst vriendelijke bevolking.